ISO9660標準內有三層透通性(Interchange), 只有第一層支援大多數的作業系統, 第一層要求每個檔案的資料必須是連續不中斷的方式存放於CD上, 每個檔案內容 不可分開存放或與其他檔案交錯, 檔名必須符合英文 A 到 Z, 數字 0 到 9 和底線"_" 所組成的字集, 而且格式必須依照DOS的規定, 8 個字元的主檔名與 3 個字元的副檔 名. 第二層則是可以採用任何的字元作為檔名, 包括使用超過 8+3 個字的長檔名, 但 是檔案的內容亦不可中斷, 交錯或是分開存放. 在第三層則是不受任何的限制. 在所 有的三層規定中, ISO9660檔案系統規定均不可使用超過8層的目錄結構.
Rock Ridge Interchange Protocol (RRIP)
ISO9660標準的設計是相容於大多數的作業系統, 但是它也保留空間作為延伸與 改編用, 在Unix的作業系統世界中, 長檔名與超過8層的目錄結構是稀疏平常的, 因此 Unix系統的CD-ROM檔案系統研展人員對ISO9660的第一層限制非常反感, 因此就有 些人不採用ISO9660的規格, 而自行設計符合Unix作業系統的規格. 但是因為Unix作業 系統有太多種不同的版本, 所以設計起來也特別困難, 但是這件事情引起了High Sierra 小組的注意. 當這件事情同樣被其他公司引起注意, 並開始討論後, 於1990年, 由16家 公司派代表組成了Rock Ridge小組, 他們共同的目標是延伸 ISO9660 的規格以使 CD- ROM 能符合 Unix 的檔案系統與結構. 他們提出一個規格叫做: System Use Sharing Protocol (SUSP), 它可重新分配ISO9660規格中的系統使用區域 (System Use Area field), 轉變成為一種可變長度的系統記錄區(Variable-length System Use fields), 這個區域內記 載了不同的作業系統之相關資訊. 因此RRIP就是負責處理記錄這些Unix下的長檔名與 超過8層的目錄資訊, 而且除了Unix以外的作業系統將不會看到這些專為Unix而設計的 區域. 這種新的CD-ROM檔案系統可以在不同的UXIX作業平台使用, 這就是Rock Ridge 格式, 至今已被廣泛的使用在Unix的CD-ROM光碟片上.